Ola, @gcastro03 

Sim é possível!

Veja se esse artigos te ajudam

https://help.pipefy.com/pt-BR/articles/614644-crie-ou-edite-uma-etiqueta

Você pode criar campos de etiqueta no formulário ou adiciona-las nos cabeçalhos dos cards que mostrarão as etiquetas selecionadas

Ah sim, eu consigo criar mais de uma etiqueta, porém eu não consigo atribuir mais de uma etiqueta em um mesmo card. Por exemplo, eu gostaria que em um card meu tivesse a etiqueta de prioridade e de setor responsável, porém ele só permite que eu atribua uma por vez. 

Ahh, entendi

É uma por vez mesmo manualmente 

Ou se você criar uma automaçao para atualizar um campo de etiqueta. Acho que dessa forma funciona do jeito que você precisa